20 мая 2009 года заместитель руководителя агентства А.В. Лушников открыл учредительное собрание некоммерческого партнерства «Совет участников рынка услуг операторов подвижного состава». В состав учредителей некоммерческого партнерства вошли крупнейшие операторы подвижного состава.
С 10 по 16 мая 2009 года состоялся визит делегации Федерального агентства железнодорожного транспорта во главе с руководителем Агентства Г.П. Петраковым в Монголию с целью подписания 2400 акций АО «УБЖД».
12-13 мая 2009 года представители Федерального агентства железнодорожного транспорта приняли участие в III Международном форуме по спутниковой навигации.
05 мая 2009 года руководитель Федерального агентства железнодорожного транспорта Г.П. Петраков утвердил приказом № 174 от 05.05.09 «Программу работ по внесению изменений в документы Системы сертификации на федеральном железнодорожном транспорте».
29 апреля 2009 г. руководитель Федерального агентства железнодорожного транспорта Г.П. Петраков принял участие в заседании Научно-технического совета ОАО «РЖД». На повестку дня совета была вынесена для всестороннего обсуждения «Программа действий по развитию контейнерных перевозок с использованием Транссиба до 2015 года».
22 апреля 2009 года приказом № 65 Минтранс России утвердил Административный регламент Федерального агентства железнодорожного транспорта по исполнению государственной функции по организации приема граждан, обеспечению своевременного и полного рассмотрения устных и письменных обращений граждан.
14 апреля 2009 г. в Петербургском государственном университете путей сообщения прошло совещание по вопросу «Проблемы и перспективы транспортного образования».
Председатель Правительства Российской Федерации В.В. Путин 14 апреля 2009 г. провел в Санкт-Петербурге совещание о программе развития транспортной инфраструктуры в 2009 году и антикризисных мерах в транспортном комплексе
Исполняющим обязанности заместителя руководителя Федерального агентства железнодорожного транспорта назначен Ерошенко Михаил Леонидович.