23 июня 2009 года руководитель Федерального агентства железнодорожного транспорта Г.П. Петраков принял участие в конференции Петербургского государственного университета путей сообщения по выборам ректора. В качестве кандидатов на занимаемую должность были представлены проректор по экономической работе Сергей Вадимович Елизаров и Валерий Иванович Ковалев, занимающий должность ректора Университета с 1999 года.
По результатам тайного голосования коллектива Университета, Ковалев В.И. был переизбран на новый срок. Это первый ректор, осуществляющий свои полномочия в третьем столетии истории существования ВУЗа. В поздравительной речи Г.П. Петраков отметил выдающиеся заслуги В.И. Ковалева перед Университетом и выразил уверенность в успешности решения задач развития транспортного образования в дальнейшем.
