9 октября 2007 года Министр транспорта РФ Игорь Левитин своим Приказом утвердил новую структуру центрального аппарата Министерства.
В соответствии с документом, структура включает в себя следующие подразделения:
- Департамент государственной политики в области гражданской авиации;
- Департамент государственной политики в области дорожного хозяйства, автомобильного и городского пассажирского транспорта, геодезии и картографии;
- Департамент государственной политики в области железнодорожного транспорта;
- Департамент государственной политики в области морского и речного транспорта;
- Департамент международного сотрудничества;
- Департамент правового обеспечения и законопроектной деятельности;
- Департамент программ развития;
- Департамент реформирования и имущественных отношений;
- Административный департамент;
- Департамент транспортной безопасности и специальных программ;
- Департамент экономики и финансов.
